一种浅水域水样采集系统，包括船体部分、水样采集部分和水样存储部分，船体部分的四周安装有水下推进器，船体部分带动整个设备移动到指定的水域，通过多个水下推进器工作将设备漂浮在指定位置，防止在设备工作中产生移动，影响设备作业；水样采集部分安装在船体部分的底板的上端面，水样采集部分可以随意采样任意深度的水样，同时自动调整采集水样的水量，每一份水样单独保存；水样存储部分安装在船体部分的底板的上端面，且位于水样采集部分的侧面；本发明提供了一种浅水域水样采集系统，精准采集任意深度的水样的同时，自动调整采集水样的水量，实现每一份单独保存，保证水样的真实性，提高效率。