本发明为解决目前肌电生物反馈治疗仪技术方案中，仅设置一个电极的方案，只能实现肌电采集或电刺激脉冲输出中的一种功能，设置两个相互独立电极的方案，无法直接采集到有电刺激脉冲输出时的肌电信号的技术问题，提供肌电反馈电刺激控制系统及控制方法，控制系统包括电极、电刺激脉冲模块、脉冲取样模块、信号预处理模块、肌电信号采集处理模块和系统控制模块，基于电刺激脉冲采样模块按照预设采样比例采集当前的电刺激信号，然后对设备采集到的信号通过减法运算消除电刺激信号，通过一个电极，可以同时进行电刺激脉冲输出和肌电采集输入，系统设置更加简便。