本发明公开了一种重轨钢电磁感应加热装置及其控制方法、加热系统，加热装置包括装置本体、第一电磁感应加热器、第二电磁感应加热器、第三电磁感应加热器、第一温度传感器、第二温度传感器、第三温度传感器、控制模块以及电源模块；温度传感器用于检测重轨钢不同部位的实时温度，控制模块根据重轨钢不同部位的目标温度和对应的实时温度计算对应电磁感应加热器的运行功率，再控制对应电磁感应加热器以该运行功率运行，实现对重轨钢不同部位加热至对应目标温度的目的。本发明能够实现重轨钢不同位置的按需在线加热，能够满足重轨钢各部位不同热处理需求。