本发明公开了一种值日志系统中数据库备份的方法和系统，方法包括如下步骤：产生检查点，获取值日志系统当前检查点对应的LSN；获取LSM树快照，收集LSM索引树的每颗子树，然后生成待备份的SSTable的链表；LSM索引树中，一个SSTable对应一个持久化的索引文件，从待备份的SStable链表中取出一个SSTable，备份SSTable对应的索引文件的数据，存储到备份文件中，依次类推取下一个SSTable备份，直到待备份的SSTable链表为空；获取值日志系统的值日志文件，从开头位置一直拷贝到检查点对应的LSN偏移处，存储备份文件中，完成值日志系统的备份；系统包括：备份装置、检查点模块、SSTable子树收集模块、LSM子树备份模块和值日志备份模块。本发明能够保证用户数据的完整性，利用备份恢复用户数据。