本发明提供了恶意文件识别方法及系统，方法包括：建立包含多个可执行文件的恶意代码样本库；对可执行文件进行反汇编，以得到多个功能块；每个功能块包括多个基本块；提取功能块中基本块之间的调用关系，根据调用关系对功能块中各个基本块的顺序进行重组，以得到重组功能块；利用预设的学习算法对重组功能块进行训练，得到识别模型；获取待识别文件，对待识别文件进行预处理，以得到预处理文件；利用识别模型对预处理文件进行识别。该恶意文件识别方法通过学习算法训练模型，能够自动提取可执行文件特征，克服了现有技术需要依赖手工提取可执行文件特征的缺陷，提高了识别效率，降低了识别时间。