本发明提供了一种磁性分离器及清洗方法，属于制药技术领域，包括主框体、磁吸组件、连接组件、磁吸隔离套和第一柔性隔离套。主框体的下端设有安装套；磁吸组件包括设于主框体下方的底板和安装在底板上端面的磁铁棒；磁吸隔离套安装在底板的上端面；第一柔性隔离套上端套设在安装套的外侧，下端套设在磁吸隔离套的外侧。本发明提供的一种磁性分离器，磁铁棒与药品物料被磁吸隔离套隔离，能够确保磁铁棒始终保持清洁状态，避免因经常清洗而导致磁铁棒快速消磁的情况，提高了磁铁棒的使用寿命，此外，这种清洗方法，可以在拆装磁铁棒的过程中防止物料的泄露，尤其在有毒有害物料的生产过程中，可以有效的保护操作环境和操作人员。