本发明公开了一种脉冲电源传输电缆短路故障分析方法及系统，方法包括电源回路和负载回路的故障电流分析，用于研究脉冲电源在放电过程中因传输电缆短路故障产生的影响，包括以下步骤：采集电路元件参数和输出电流波形；以短路位置为分界，分电源回路和负载回路计算故障电流；电源回路中，电缆短路使电路阻感减小，电流峰值增加；负载回路中，阻抗变化引起负载极性反转，提前触发后续模块二极管，导致其在反向恢复过程中损坏；基于以上分析，提出通过增加元件设计参数冗余和阻抗匹配方式的短路保护方案。本发明通过建立脉冲电源传输电缆短路故障模型的分析方法，能够有效分析出电缆短路对系统产生的影响，并提出了切实的保护方案，有效可行。