本发明公开了一种机器翻译引擎训练系统、方法及经训练的机器翻译引擎，该机器翻译引擎训练系统包括：预处理替换模块、替换信息存储模块、子词切分保持模块、翻译引擎训练模块和替换信息还原模块。其中，预处理替换模块将接收到的双语句对或待翻译原文中的标签对分别替换为特殊标记对，只有标签内容相同的标签对才使用相同的特殊标记对来替换。替换信息还原模块在训练效果验证模式下或引擎执行翻译任务时将接收到的译文中的特殊标记还原，以便对机器翻译引擎的训练效果进行评价或输出最终译文。根据本发明，能有效提高机器翻译引擎对翻译文本中格式化信息尤其是标签的处理能力，使得机器翻译引擎能高可靠性地处理翻译文件中的例如上、下标信息。