本发明公开了一种员工数据权限的处理方法、系统、电子设备及存储介质，所述员工数据权限的处理方法包括以下步骤：根据客户数据和员工数据处理得到数据权限控制表；所述数据权限控制表包括第一客户编号、员工编号和权限类型；判断所述员工编号对应的所述权限类型是否与预设权限类型相同，若是，则获取与所述员工编号对应的所述第一客户编号，并从业务数据中筛选出与所述第一客户编号对应的目标业务数据。本发明实现了根据企业员工快速增长、岗位职级的变化，可自动更新数据权限控制表，确保员工仅可查看自己权限范围内的数据，提高数据的安全性，降低数据权限管理和数据筛选的压力，提高工作效率，节省时间和人工成本。