本发明公开了一种基于微孔板的均一的单类器官模型及其制备方法，所述方法包括：将可传代培养的类器官消化成单个细胞；将所述单个细胞与含有5％～10％的基质胶的类器官培养基共混，获得含有细胞‑基质胶‑培养基的共混物；将所述共混物置于底部为低黏附或超低黏附的微孔板中，再加入类器官培养基进行常规培养，然后离心以使细胞聚集于所述微孔板底部，获得基于微孔板的均一的单类器官模型。本发明培养的类器官具有高度的单一性，几乎可以确定每孔仅有一个类器官。本发明重复性高且操作可控性强等优势，对于普通实验室和批量生产均有较好的优势。