本发明公开了一种含氟聚酯型聚氨酯、其制备方法及应用，该含氟聚酯型聚氨酯由聚酯二元醇与改性二异氰酸酯预聚合后，再通过全氟聚醚单羟基化合物对预聚体两端封端而成；所述改性二异氰酸酯是利用2,5‑双苯基(酚硫醚)‑1,4‑二酚与4,4'‑二环己基甲烷二异氰酸酯进行异氰酸基团与羟基基团的加成反应获得。本发明通过对二异氰酸酯固化剂进行改性，采用改性二异氰酸酯与聚酯二元醇进行预聚合，再采用全氟聚醚单羟基化合物对预聚合物进行两端封端，从而促使聚合物形成不同结晶区域，结晶区域的差异性可获得光学显示所需的折射率特性，因而可应用于光学显示膜材。