本发明涉及一种菌藻复合的可控水体养虾系统，虾池中心底部设有一布水腔，布水腔上表面开设过水孔，布水腔横向通过循环水管与位于养虾池四周的多个沸腾式移动床生物滤池中的插管的底部连通；插管上端可选择性的插入水位保持管，水位保持管上端高于液面；沸腾式移动床生物滤池内设有若干气提管，气提管底部与提供气体的气提装置连接；一部分气提管顶部横向延伸至养虾池上方；移动床生物滤池内的底部还设有纳米曝气管，内部填有生物滤料；小球藻培养槽利用浮性材料漂浮于养虾池水面之上，并可随水位变化上下浮动；另一部分气提管顶部横向延伸至小球藻培养槽一端；小球藻培养槽的另一端具有一可控开闭的排液口。