本发明公开了一种高低打手开棉机，包括装置壳体、设置于装置壳体内第一打手室、第二打手室以及设置于第一打手室、第二打手室内的第一打手、第二打手，所述第一打手室、第二打手室高低错落设置，并通过间道连通，所述间道一侧设有间道切换装置；本发明高低打手开棉机通过设计两只打手，两个出料口，可以分开只使用第一打手系统，也可以联合使用两套打手系统，中间通过间道切换装置改变原料流方向，这种设计极大的提高了开棉机的原料普适性，能满足不同原料的开松度要求，尤其是对处理高含杂机采棉极为有利。