本发明公开了一种加压催化制备2‑羰基‑4‑(羟基甲基膦酰基)丁酸的方法，包括以下步骤：以外消旋型草铵膦为底物，加入共表达重组大肠杆菌湿菌体、pH调节剂调控反应体系的pH在6.5~9.0，反应过程在密封、通风、加压的条件下进行；重组大肠杆菌可共表达D‑氨基酸氧化酶和过氧化氢酶；反应过程至少包括以下两个阶段：第一反应阶段，控制反应体系处于第一通气量和第一压力状态；第二反应阶段，控制反应体系处于第二通气量和第二压力状态；第一通气量大于第二通气量，第一压力大于第二压力。本发明通过控制反应过程不同反应阶段的通气量和压力以使得反应体系中的D‑氨基酸氧化酶保持较高的酶催化活性，缩短催化反应时间并提高酶催化转化效率。