本发明公开了一种超声医学科器械清洁消毒装置及其使用方法，包括箱体，箱体内设置有探头通道，探头通道两侧设置有与箱体转动连接的第一缠轮和第二缠轮，第一缠轮和第二缠轮上缠绕有纱布；探头通道内还连接有若干个喷头，纱布设置在喷头上方，喷头连接有喷洒机构；箱体内转动连接有转轴，转轴固定套设有转套，箱体内铰接有气弹簧，气弹簧与拨杆相连；转轴用于带动第一缠轮转动，转套通过棘轮机构连接有拨杆，拨杆一端设置在探头通道内。本发明可实现超声波探头的自动清洗工作，清洗效率高，极大较少了医务人员的工作负担。