本发明提供的一种版本文件传输方法、装置及服务器，所述方法应用于主服务器，该方法包括：对多个源代码文件进行编译，得到编译后的多个版本文件以及每一版本文件的编译状态和输出类型；根据每一版本文件的编译状态和输出类型确定多个版本文件的传输顺序；根据所述传输顺序通过第一专线网络向黄区服务器依次传输多个版本文件，以使黄区服务器在接收到每一版本文件并通过每一版本文件的传输参数确定所述版本文件未被篡改后，通过第二专线网络向非黄区服务器传输所述版本文件，能够实现自动确定多个版本文件的传输顺序且自动传输，通过自动传输及设置的传输顺序可以提高传输效率，同时，自动传输及校验过程可以提高文件传输的安全性。