本发明属于大豆蛋白深加工技术领域，公开了一种用于提高低分子量大豆肽产量的方法，向大豆豆粕中加水和碱溶液，分离，烘干，得大豆分离蛋白微粉；向大豆分离蛋白微粉加入蒸馏水，破坏大豆分离蛋白空间结构，灭菌，加入复合蛋白酶进行酶解，得酶解液；将酶解液离心分离，微滤膜处理后，加水清洗，纳滤操作，得浓缩液；将浓缩液冷冻干燥后，溶解，分离纯化，吸附，抽滤，解析，收集，冷冻干燥，得高产量低分子量大豆肽。本发明结合生物酶解技术、超滤分离技术、大孔树脂吸附分离及活性炭吸附技术，通过控制酶解液的糖度控制反应的得率，通过控制滤出液的糖度和加水量来控制产品收率，通过控制浓缩液糖度控制产品透明度，溶液清澈透亮，易吸收。