本公开提供一种海水入侵分层监测装置，包括：多个多层位监测井，多个多层位监测井沿远离海水的方向分布，并贯穿不同的监测区域，多层位监测井是基于分层封井而实现的单孔多水层井结构，用于在多层位监测井内安装多层位监测管；多个多层位监测管，多个多层位检测管安装于多层位监测井内，用于对不同含水层进行数据采集，含水层在监测区域的同一监测点的垂直方向分布；以及地下水文遥测设备，安装于多层位监测井内，获取地下水位/水质的监测数据，实现对地下水位/水质数据的实时监测和传输；其中，多层位监测管包括水位/水质监测传感器，用于对水位/水质数据的采集。本公开还提供了一种海水入侵分层监测方法。