本发明公开一种环保型组培瓶自动清洗机，包括：清洗配合转筒、摆瓶输送轨道、前部冲洗组件、集液盒和粉碎装置。清洗配合转筒包括旋转筒体和多个瓶体装载部，瓶体装载部包括沿旋转筒体的轴线方向依次设置的多个瓶笼。摆瓶输送轨道具有多个送料轨道槽，各送料轨道槽分别延伸至清洗配合转筒沿轴线方向的不同位置上。前部冲洗组件位于摆瓶输送轨道的底部，前部冲洗组件包括多个喷头，各喷头分别朝向相应的送料轨道槽。集液盒具有位于摆瓶输送轨道底部的集液槽。粉碎装置和集液槽相连通，粉碎装置上连接有第一排污管道。本申请的环保型组培瓶自动清洗机能够收集组培瓶内粘附的杂质，并通过排污管道进行安全排放，不污染生产环境，确保现场干净清洁。