本发明涉及一种元数据组织方法、系统、存储介质及备份方法、检索方法。应用服务器端的方法包括：向数据源端发送请求；接收第一元数据和文件绝对路径；获取唯一标识；创建第二元数据，并对第二元数据进行更新；当文件备份完成时，将目标文件数据的数据备份端存放位置写入第二元数据;当文件夹备份完成时，将目标文件夹的子文件数量和目标文件夹子文件元数据的数据备份端存放位置写入第二元数据。应用于数据源端的方法包括：接收数据备份端请求；扫描数据源端；向数据备份端发送第一元数据和文件绝对路径。本发明在数据备份端通过重新组织元数据结构，确保备份数据准确，快速识别检索，有效实现元数据模块化管理。