本发明提供了一种制备聚丁二酸丁二醇酯的微界面系统，包括用以将丁二酸、1，4丁二醇和催化剂预混合的混合罐，所述混合罐连接有酯化反应器，所述酯化反应器的内部设置有联动式微界面发生器，所述联动式微界面发生器连接有循环泵，所述酯化反应器以后依次连接有精馏塔和真空缩聚塔。通过在酯化反应器的内部设置有联动式微界面发生器，将丁二酸、1，4丁二醇和催化剂分散破碎，这样可以使丁二酸、1，4丁二醇和催化剂更好地互溶，溶液温度、浓度分布更均匀，而且极大地增强了溶液的湍流程度，使得固液相边界层进一步变薄，大幅度提高反应效率，节约了生产成本，提高生产效率和产出比。