本发明公开了一种用于电动车控制器的防水结构，属于用电设备壳体技术领域，包括控制器端盖和防水组件，防水组件包括盖体、弹性密封体和加压销，盖体的一侧开设有密封腔，弹性密封体安装在密封腔中且弹性密封体的一侧延伸出密封腔；加压销能够从径向压紧弹性密封体，使弹性密封体形变并使走线通孔与连接线抵紧接触。本发明通过设置盖体、弹性密封体和加压销，加压销与盖体配合压紧弹性密封体，使得走线通孔紧紧包裹住连接线从而实现连接线之间的密封，同时通过盖体和控制器端盖之间的固定连接，弹性密封体也能够覆盖住出线通孔一和出线通孔二的范围，最终实现连接线和出线口之间的密封，同时这种密封是可拆卸的，维修更方便，降低了维修成本。