本发明公开一种有效控制营养物质循环利用的多营养层次养殖系统，包括，筛选模块，检测模块，处理模块，控制模块，养殖模块；处理模块分别与筛选模块、检测模块、控制模块连接；养殖模块与筛选模块、检测模块连接；养殖模块用于为养殖系统提供养殖场景；筛选模块用于根据养殖场景，筛选评价适养物种；检测模块用于检测养殖场景内的环境参数；处理模块用于对适养物种及环境参数进行分析处理，并根据分析处理结果生成控制指令；控制模块用于根据控制指令对养殖场景的环境参数进行调控。本发明能够合理有效筛选适养物种，使适养物种能够有效营养物质循环利用，同时对养殖过程中的因素进行自动检测及调控提高水产养殖智能化程度。