本发明公开了一种基于可调频率GM制冷机的超导磁体系统，超导磁体系统包括制冷组件、超导磁体组件、监测组件和控制器；制冷组件包括压缩机和制冷机，压缩机与制冷机配合连接，超导磁体组件包括超导线圈和冷屏，超导线圈设置在冷屏内；制冷机包括一级冷头和二级冷头，一级冷头与冷屏热连接，二级冷头与超导线圈热连接；监测组件包括若干个温度传感器，若干个温度传感器设在超导磁体组件上；控制器与制冷组件配合连接，控制器与若干个温度传感器配合连接。所述超导磁体系统可以根据不同的工作运行模式，通过控制器调整GM制冷机的工作频率，从而减少超导磁体系统的失超风险，提高超导磁体系统的工作效率，同时减少能耗，达到节能的目的。