本说明书实施例公开了一种基于秘密分享的多键排序方法和系统。第一方将一个或多个第一信息项分别作为排序键对一个或多个第一数据列进行迭代排序，并基于得到的第一结果序列获得第一分组标记列。第一方将第一分组标记列作为待排序序列，第二方将基于一个或多个第二数据列生成的第二排序向量作为排序向量，进行秘密分享向量排序，双方各自得到经过排序的第一分组标记列的分片。双方基于经过排序的第一分组标记列的分片进行秘密分享基数排序，得到第三排序向量的分片。双方对第二排序向量和第三排序向量进行秘密分享合并，得到多方排序向量的分片。双方基于多方排序向量的分片，对待排序数据列进行秘密分享向量排序，得到目标数据列的分片。