本发明提供了一种高压供电回路保护系统、保护方法及车辆。其中该系统包括高压供电保护主支路，其由依次串接在受电弓和第一主变压器之间的第一电流传感器和主断路器构成；高压母线隔离支路，其两端分别连接在相应主断路器和第一主变压器的连接点处，且该支路上串接有两个第一高压隔离开关，每个第一隔离开关与一个第二电流传感器串联连接；主断路器控制回路，其由第一主变压器串联的牵引变流单元及其并联的旁路构成；控制模块，其用于接收第一电流传感器和第二电流传感器的电流信号进而定位故障过流故障区域，及判断/旁路切除相应主变压器串联的牵引变流器单元的工作状态。