本申请涉及一种商品包装检测及防伪追溯的方法及系统，方法包括：对各最小单位的商品附上商品码，商品码中包含商品的追溯信息。向装箱设备下发预设包装比例，使装箱设备按照预设包装比例对商品进行装箱。接收检测设备发送的装箱过程实时检测结果，根据检测结果，将各商品的商品码与各商品对应的外层包装的包装码进行绑定关联。由于在检测结果中出现未按照预设包装比例进行的错误装箱操作时，根据检测结果进行适应性的重新绑定关联，可以解决由于装箱比例不对称，导致对应的商品码与包装码的绑定关联关系也会出错的问题，从而避免后续的商品追溯，防窜货等管理失效问题。