本发明涉及药剂包装技术领域，特别涉及一种自清洁药剂分袋独立包装设备，包括设备基座，所述设备基座上布设有药剂料筒以及药剂入料口，所述药剂入料口与所述药剂料筒连通，所述药剂料筒的一侧布设有包装组件，所述包装组件将所述药剂料筒内的药剂分袋包装，所述药剂料筒内布设有清洁机构，所述清洁机构对所述药剂料筒内的残留物清洁处理，能够及时、自动完成药剂料筒的清洁作业，无需人工进行清洁处理，避免了药剂料筒内滞留有前次包装时投入的不同药剂残留物，而污染当次包装药剂，给患者带来用药风险，且提高了药房工作效率，降低了药剂包装差错发生率，改善了患者用药体验。