本申请公开了一种疾病编码方法、装置、系统及相关设备。其中疾病编码方法包括：获取输入病案和疾病编码图谱，其中，输入病案包括第一词语和第二词语，疾病编码图谱包括多个诊断词语和多个疾病编码，多个诊断词语和多个疾病编码之间存在一一对应关系，随后，将第一词语和第二词语分别与疾病编码图谱进行匹配，获得第一词语和第二词语分别对应的疾病编码，根据第一词语对应的疾病编码和第二词语对应的疾病编码，确定输入病案的疾病编码。该疾病编码方法参考的疾病编码图谱内容全面，其中的诊断词语可以组成所有的疾病名称，获取输入病案后利用图谱这种图数据结构，可以提高查找编码的效率，解决由输入病案的复杂描述造成的疾病编码不准确的问题。