本申请涉及一种商品集装箱出入库管理方法及设备，方法包括：扫描获取商品集装箱的追溯码，通过机械手将追溯码互相关联的商品集装箱进行码垛并置于同一托盘，对各托盘上的商品集装箱进行扫描入库。进行出库时，将扫描记录完成的各托盘进行出库。由于本申请中，进行扫描入库时，若当前托盘上的商品集装箱出现扫描顺序错误，则对当前托盘的扫描记录进行自动补正，保证后续托盘的扫描可以正常进行，避免商品集装箱追溯出现问题，同时也解决了商品集装箱扫描登记顺序混乱问题。将扫描记录完成的各托盘进行出库后，还将码垛失败的商品集装箱通过补入的托盘进行出库，避免遗漏商品集装箱。