本发明公开了一种全自动磁片装盒机的控制系统，涉及磁片加工技术领域，包括驱动单元、控制系统单元、监控单元以及警报单元；驱动单元包括第一输送机构、第二输送机构、分选机构、换向机构、收料机构以及装盒机构；控制系统单元包括主控操作面板、显示屏以及伺服控制系统；监控单元包括布设在第一输送机构表面的第一物料传感器以及第二输送机构表面的第二物料传感器；警报单元包括报警器，用于监控本系统的运行状态，警报单元用于监控本系统的运行状态，在系统出现异常的时候警报单元向控制系统单元发送异常信号，控制系统单元向伺服控制系统发送暂停信号，警报单元向报警器发出报警信号以提醒工作人员过来查看，以保证设备的平稳运行。