本发明公开了一种SAR雷达主瓣有源干扰的极化滤波抑制方法：步骤1，采用Jones矢量法表示正交双极化天线雷达系统中正交双极化天线的接收信号，并构建干扰抑制极化滤波算子；步骤2，提取正交双极化天线雷达系统的回波干扰样本进行正交极化通道数据矩阵计算，并将矩阵计算结果代入Stokes矢量估计干扰的极化角和极化相差；步骤3，采用干扰抑制极化滤波算子对正交极化通道接收回波进行极化滤波，得到回波数据。本发明的方法在正交双极化天线SAR雷达系统中，通过基于回波的干扰极化参数估计构建干扰抑制极化滤波算子，并将该算子用于双极化通道回波数据的极化滤波，可以有效抑制主瓣单极化有源干扰。