本发明公开了一种热辅助原位化学氧化的土壤修复控制方法及系统，包括：获取待修复区域的土壤特性及有机污染物特性，确定热辅助原位化学氧化加热井分布信息；获取待修复区域的污染土壤深度信息，根据污染土壤深度信息将定量的磁性氧化剂通过水力压力泵压入污染土层中；通过高频磁场发生器在目标深度位置生成磁场，磁场产生电涡流效应对磁性氧化剂加热进行与污染物的化学氧化反应，对污染土壤进行修复；通过监测系统获取化学氧化反应中的温度信息及污染物浓度信息，根据污染物浓度信息进行温度信息的控制及磁场发生器的启停。本发明通过加热增加化学氧化剂在土壤中的反应速率，有助于土壤中的有机污染物充分氧化，具备显著的修复效果。