本发明公开了一种宇航双冗余空间通信设备的故障自诊断和自主切换系统及方法，系统包括：故障自诊断模块，用于故障自诊断和判别，并对故障自诊断的逻辑电路进行三模冗余处理；自主切换允许和禁止控制模块，用于生成控制信号；地面指令响应模块，用于通过对地面指令进行滤波处理和运算；故障诊断结果响应模块，用于将自诊断的结果进行响应处理；地面指令切换和自主切换控制模块，用于产生相应的控制信号；切换指令输出模块，用于切换指令的输出脉冲展宽，自主切换和地面指令切换的控制。这样，本发明采用FPGA逻辑电路与组合逻辑电路相结合的方法，提高了故障诊断的精细程度，避免了传统自主切换方法因失步和误码而引起的故障无法判断的缺点。