本发明公开了一种番茄杂交制种的方法，属于遗传育种技术领域。该方法包括以下步骤：(1)育苗：于2月中下旬播种，父本分三期播种，每期父本播种期相差5‑10天，第二期父本播种的同时播种母本，采用日光温室穴盘育苗，在播种前对所述日光温室及穴盘进行消毒；(2)定植：3月定植，定植前对土壤进行消毒；父本和母本定植比例为1:4～5，父母本分别连片相邻定植；(3)田间管理；(4)授粉：授粉前对授粉工具进行消毒，选择花粉未散的大花蕾，进行人工去雄，去雄后必须立即授粉，授粉全部结束后；(5)种子收获。本发明通过将制种工艺，结合细化每步工艺中的消毒步骤，减少影响制种纯度和品质的因素，为番茄种植提供更优质的种质资源。