本发明提供一种超深水自然农业水稻种植方法，包括以下步骤：步骤1，选择优质深水稻种，并浸入高锰酸钾溶液中消毒，使种子包裹在袋中催芽；步骤2，选择一块肥沃的第一农田；步骤3，将步骤1中催牙已经好的稻种均匀播撒到第一农田内；步骤4，选择一块较深的第二农田；步骤5，将步骤3中育苗完成后的秧苗移植在第二农田内；步骤6，第二农田插秧后2‑3天即可进行深水管理，前期超深水灌溉，不断加深水层，腊熟期后放水。本发明采用超深水持续灌溉、超密栽植和后期追肥的方法，避免了营养体的物质和能量的浪费，不会造成冷害危害，还杜绝了好气性病害的发生，有效提高了水稻的产量。