本发明涉及一种区分紫皮和黄皮洋葱的cDNA分子标记及其应用。本发明根据洋葱花青素合成酶基因序列设计引物，以30天苗龄紫皮、黄皮洋葱假茎为试材，提取总RNA，再反转录成cDNA，以Actin基因为对照进行花青素合成酶基因的差异表达分析，开发了区分紫皮和黄皮洋葱的cDNA分子标记，利用得到的cDNA分子标记能够快速、准确的区分紫皮和黄皮洋葱。并利用其它紫皮、黄皮洋葱品种对这一标记进行了验证。本发明获得了区分紫皮和黄皮洋葱的cDNA分子标记，可以应用于洋葱种子纯度鉴定，与传统种子纯度鉴定法相比，能快速、准确区分紫皮和黄皮洋葱，具有较大的商业应用价值，也可以应用于洋葱种质资源鉴定和辅助育种方面。