本发明公开全密闭自动化取样系统，包括一结构主体，所述结构主体包括取样装置、密封容器及自动控制箱，所述取样装置下端与所述密封容器连接；所述取样装置包括自动提升气缸，所述自动提升气缸下端设有取样管路，所述取样管路一侧设有取样阀，所述取样阀下端设有取样瓶，其中，所述取样阀与所述取样管路之前设有实现连通的第一连接管，所述取样阀与所述密封容器之间设有实现连通的第二连接管，所述取样管路另一侧设有与之连通的清洗阀；所述密封容器上端设有取样装置连接口；本发明公开全密闭自动化取样系统，自动化程度极高，一键操作，即可实现了整个取样过程的动作全部完成，保证整个取样过程中的介质无泄露的风险。