本发明提供一种双壳贝类中麻痹性贝类毒素的早期预警方法，是检测双壳贝类的消化腺中的麻痹性贝类毒素的含量来确定是否有麻痹性贝类毒素含量超标的危险性。本发明方法以消化腺作为监测样本，在毒素提取操作上，相比于常规检测方法中使用的整体软组织更加易于匀浆研磨，操作简便，省时省力。检测样本体积更小，毒素提取更加经济节约。消化腺毒素积累更加快速且积累量高，使得毒素更易被灵敏的检测到。同时，相比于监测水体毒藻水平和贝体生物生物标志物，以消化腺作为毒素监测样本，受其他因素干扰小且更能直接反应贝体毒素水平。