本发明涉及的临床微生物单细胞耐药性检测仪器及检测方法，仪器包括电动位移平台、光镊模块、成像模块、激发光模块、显微聚焦模块、拉曼主光路及传输模块、同轴照明模块、自动采集控制模块；通过结合光镊模块捕获样品芯片中在液相状态下的待测细胞，实现了干片及液相中静止及流动状态下微生物样品的耐药性检测。检测仪器具有多种工作模式，满足不同需求的耐药性检测；光学箱体一体化铸造，全封闭设计，避光性好，防止细菌污染，能够大幅度提高仪器稳定性，保证单细胞检测结果的准确性。