本发明公开一种基于智能合约定序的区块链跨链交易方法，首先来源链和目的链上部署一个跨链合约，并初始化跨链交易序号，然后每到一笔跨链交易，序号递增，合约更新序号后持久化存储以该序号为键、该跨链交易索引为值的键值对，并且将更新后的序号持久化。若跨链支持模块接收到乱序的跨链交易，则凭借跨链合约中持久化存储的索引向来源链全节点查找丢失的跨链交易。本发明解决了跨链交易容易丢失或被乱序接收，难以保证跨链交易高可靠的问题，使用智能合约定序策略避免了跨链交易丢失或乱序接收的可能，同时使用区块链智能合约中的跨链交易索引查询丢失跨链交易，从根本上解决了跨链交易高可靠难的问题。