本发明提供的一种填料管式微通道换热器及其制造方法，包括微管、固定部件、填料、外壳、变径接头、连接口、填料进口和真空抽气口；所述微管采用固定部件固定并限定间距；可以选用不同的方案对所述微管管束间的间隙进行填料的填充；所述外壳包裹微管管束并和连接口连接；所述填料进口和真空抽气口位于外壳的两侧，交错排布，用以填料的填充；所述填料管式微通道换热器采用微通道的削薄边界层的强化换热方法，令换热性能强劲的同时压力损失也很很小，最重要的是此种制造方法能有效的降低制造成本，无需进口或精密设备就能完成产品的制造。