本发明公开了一种NN间期信号获取装置、系统及存储介质。本发明获取受试者的心电信号；确定所述心电信号对应的窦性R波序列和非窦性R波序列；确定所述非窦性R波序列的稀疏度和离散度；根据所述稀疏度和所述离散度判断所述非窦性R波序列是否满足预设条件；在所述非窦性R波序列不满足所述预设条件时，根据所述非窦性R波序列剔除所述窦性R波序列中的目标R波，获得NN间期信号。相对于现有的通过时域分析和频域分析确定NN间期信号的方式，本发明上述方式实现了对NN间期的端对端的检测，避免了错误率的向后累加传递，使得能够获取到更少错误率的NN间期信号，提高后续HRV分析的准确性。