本发明涉及一种用于治理底泥污染的微生物滤层构建方法，包括在底泥中加入氧化剂和反应添加剂；搅拌反应；向氧化反应后的底泥中加入固化膨胀剂，稳定至底泥形成结构层；在结构层中加入微生物和微生物激活剂；再进行稳定，得到微生物滤层。本发明没有淤泥的转移、堆积和处置问题，不会对环境产生二次污染，利用部分原有底泥所形成的微生物滤层具有透气性和透水性，对原有生态系统不会产生破坏；微生物滤层可以长效改善底泥，并建立长久的生态平衡，具有投资小、效果好、生态环保等优点；采用生物喷射和激活酶的组合方式，实现微生物优势菌种的建立和数量的快速繁殖，采用本发明的方法得到的结构层孔隙数量多、比表面积大且微生物数量多。