一种底泥治理工程菌固化颗粒投放装置，包括船体和多个投放单元。船体下端设有行进组件。每个投放单元包括一个竖直设置的第五直线机构，其滑动端设有竖直设置的旋转电机，旋转电机的输出轴一端设有密封盖，密封盖下端装配有投放组件，投放组件包括多个投放仓，投放仓下端装配有隔块，投放仓外周侧一端开设有投放窗，密封盖内穿设有用于连接空气压缩机的增压管，增压管外周侧设有多组增压口，密封盖内穿设的窄板一端设有多个开关板，投放单元还包括升降组件，底部投放仓下端设有底座，底座下端设有尖锥。本发明可深入底泥内部，逐级投放工程菌固化颗粒，实现较好的底泥原位治理效果，且能够减少投放时的颗粒损耗，提高资源利用率。