本发明提供了基于限制性核酸内切酶的通用型探针以及其应用，所述通用型探针为由茎结构域和位于茎结构域两端的环结构域组成的双发卡结构；茎结构域包含反向互补的上链和下链，上链中包含限制性核酸内切酶的酶切位点区域，下链包含自我结合区域，自我结合区域由多个G构成；环结构域包含特定目标模板识别片段区域，特定目标模板识别片段区域为与目标序列反向互补序列。本发明所述的通用型探针能够实现针对不同的检测对象只补充识别序列，而无需变更骨架的其他序列就能够完成探针设计，从而降低探针设计难度，拓展应用领域。