本发明公开了用于检测早期肝癌的cfDNA三标记物组合物及其试剂盒，属于生物检测技术领域。该cfDNA三标记物组合物由cfDNA甲基化标记物、cfDNA片段化标记物和蛋白标记物组合而成。该标记物组合物与肝癌发生相关，可用于辅助医生诊断肝癌的发病情况。该试剂盒通过对在不同时期肝癌患者的cfDNA甲基化、cfDNA片段化以及肝癌相关蛋白水平的变化的研究，继而提出采用三标记物组合物的结合，用于辅助医生对早期肝癌作出判断。公开了十个与肝癌发生相关的甲基化标记物结合片段化标记物以及三个蛋白标记物能够显著提高结果检出率和准确率，降低假阴、假阳概率，并鉴于离体血液样本检测的无创性，适于大规模推广应用。