本发明公开了一种药用核酸合成工艺，本发明在合成过程中尽可能的将不需要的基团暂时保护起来，在一轮偶联反应之后，再将上一轮基团上的保护基选择性的脱下来，以形成专一的磷酸二酯键，从而尽可能减少副反应，提升目的产物的产率，降低纯化难度。本发明能够通过对合成柱进行简单的改造，从而能够实现在氨解过程中不对合成柱进行转移，在线氨解，将合成柱内的固相负载物表面负载的寡核酸产品洗脱，对含有寡核酸产品的洗脱液收集并进行后续的纯化处理工序，由于整个过程合成柱无需下线，从而一方面大大降低了工作难度与复杂程度，另一方面显著降低了拆卸安装过程中的废气泄露。