本发明公开了一种数控机床用智能化多层防护系统及其防护控制方法，包括机床主体、主轴、支撑底座、导轨、两个伸缩导轨防护罩、工作台、导轨电机，导轨设置在机床主体工作仓内部的左侧与右侧之间，两个伸缩导轨防护罩套设在导轨的左右两侧，伸缩导轨防护罩的上方设置有清理机构，齿轮箱与伸缩导轨防护罩的顶部固定连接，本发明涉及数控机床防护技术领域。该数控机床用智能化多层防护系统及其防护控制方法通过输入电机转动，并通过第一锥齿轮、第二锥齿轮与第三锥齿轮之间的啮合传动使得第一螺纹杆与第二螺纹杆转动，并通过连接板带动伸缩清理组件在伸缩导轨防护罩表面移动，从而将伸缩导轨防护罩表面的碎屑清理干净。