本发明提供了一种甜菜碱分离提纯方法，属于甜菜碱生产技术领域，该方法具体如下：步骤1，将含有甜菜碱的混合液体通入二效蒸发器进行蒸发浓缩；步骤2，将蒸发浓缩后的液体通入稠厚器，进行初步的甜菜碱浓液和盐的分离，再将分离出的甜菜碱浓液存放入甜菜碱储罐中；步骤3，将从稠厚器中分离出的盐通过离心机进行一次离心，再将一次离心出的溶液放入甜菜碱储罐中，一次离心剩余的固体放入水洗绞龙中，通过绞龙水洗后进行二次离心；步骤4，将二次离心后得到的液体通入至下一批的甜菜碱混合液中；并对二次离心得到的固体盐进行包装处理。本发明提高了甜菜碱回收率，并且能够对最终甜菜碱含量做到准确控制。